Programa de pago pero con version gratuita, bastante potente y actualizable online.
http://www.lavasoftusa.com

Muy potente y actualizable online.
http://www.safer-networking.org

Permite listar que programas se cargan al arrancar el sistema y bastante información y opciones más, para usuarios avanzados.
http://www.trendsecure.com/portal/en-US/threat_analytics/hijackthis.php 

Add-on para el navegador Internet Explorer que gracias a su conexion a una base de datos te ayuda a identificar si las paginas por las que navegas son potencialmente peligrosas.
http://www.siteadvisor.com

Impide que se instalen los programas maliciosos que utilizan los controles ActiveX, para que asi puedas navegar de forma segura con el ActiveX activado. No limpia ni scanea Spyware.
http://www.brightfort.com/spywareblaster.html

Nueva clase de virus con capacidad de ocultarse en el sistema.

Capaz de encontrarlos y eliminarlos.
http://www.f-secure.com/en/web/home_global/products

Ademas de encontrarlos y eliminarlos, se puede ejecutar desde linea de comandos.
http://www.sophos.com/en-us/products/free-tools/sophos-anti-rootkit.aspx

Herramientas para la eliminación de los gusanos más extendidos

Detecta y elimina más de 40 virus y gusanos y sus variantes.
http://www.mcafee.com/es/downloads/free-tools/stinger.aspx

Detecta y elimina diversos tipo de virus y gusanos y sus variantes.
http://www.pandasecurity.com/spain/enterprise/downloads/repair-utilities/?sitepanda=empresas